El diseño y la implementación del Modelo de Gestión del Tribunal Contencioso Tributario y Administrativo constituyen otro paso de avance institucional con respecto a la extrapolación del desarrollo e implementación de Modelos de Gestión en los tribunales de las diferentes jurisdicciones. En este sentido, el nuevo escenario planteado por la entrada en vigencia de la Ley 13-07 de Transición Hacia el Control Jurisdiccional de la Actividad Administrativa del Estado generó un aumento de la carga de trabajo y la necesidad de una reestructuración organizacional del Tribunal Contencioso Tributario y Administrativo que garantizara agilidad en los procesos operativos y jurídico-administrativos y facilitara la labor esencial de los jueces, emitir sentencias. Con el apoyo del Programa de Apoyo a la Reforma y Modernización del Estado (PARME), la Suprema Corte de Justicia a través de la Dirección de Planificación y Proyectos de la Dirección General Técnica, diseñó e implementó nuevos procesos operativos y una estructura organizacional basada en una Secretaría General que da servicios a las dos Salas del Tribunal. Se elaboraron los perfiles de puestos y el personal fue sometido a un proceso de evaluación a partir de los mismos y fueron reubicados en diferentes posiciones a partir de sus habilidades y competencias. Actualmente se trabaja en la adaptación del Sistema Supremo Plus a esa jurisdicción.  

Debido al proceso de implementación llevado a cabo y al esfuerzo desarrollado por los Magistrados del Tribunal, éste logró incrementar su tasa de resolución en el período enero-septiembre 2008 en un 284% con respecto al mismo período del 2007, como se observa en el siguiente gráfico.